漕运总督部院遗址漕运总督府的破坏

随着漕运的停止，与漕粮征运相关的官署机构也随之裁撤。清光绪三十年，漕运总督及粮道等官职被正式撤销。此时，海运的兴起直至辛亥革命爆发，才标志着漕运时代的终结。关于总督漕运部院的损毁过程，众说纷纭。有人认为是三十年代被日本飞机所毁，但历史记录显示，日本飞机于1938年至1939年对淮城的三次轰炸并未波及到漕运大堂和二堂。

据当时八九十岁的当事人回忆，总督漕运部院的大堂和二堂是在解放后，即1949年，由相关人员自行拆除。其中，有的老人提到，1942年至1943年，伪县长沙贵章和维持会长刘宝善指示拆除大堂，砖瓦用于建造简易市场，木料则用于制造炮台。王孝和老先生记得，1944年秋天，总督漕运部院的部分梁木被拆走。1945年9月至10月，新四军占领期间，为战争需求，包括大堂在内的部分建筑被拆除，木材用于制造手榴弹柄。

据《淮安市志》记载，早在1928年前，大观楼已被拆，而1946年新四军扩建体育场时，又拆除了总督漕运部院的部分房屋。由此可见，总督漕运部院的毁灭并非因日本轰炸，而是上世纪四十年代随着城市建设和军事需要逐步拆除的。