如题所述
燕军进南京，朱允炆见事不可为，遂在皇宫放火。马皇后死于大火，朱允炆本人不知所终；此后其下落成为谜团。
朱棣入城，派人找出马皇后的尸体，指认其为朱允炆，并执其手哭“傻小子，何苦如此”，随后六月廿日以天子礼葬之，造成建文帝已死的假象。而建文的下落成为了千古迷题。据传，郑和下西洋的初衷之一便是搜寻建文帝的踪迹 而另一路是胡濙密访江浙一带。
南京陷落后，朱棣入城。翰林院编修杨荣迎于马首，说：“殿下先谒陵乎？先即位乎？”点醒朱棣。次日（建文四年六月十四）起，诸王及文武群臣多次上表劝进，朱棣不允。数日后（六月十七），朱棣谒孝陵，并于当日即太祖皇帝位，是为明太宗（后改为成祖）。重建奉天殿（旧殿被朱允炆所焚），刻玉玺。同年十一月十三日，封王妃徐氏为皇后。
朱棣不承认建文年号，七月初一（一说六月十八），将建文元、二、三、四年改为洪武三十二至三十五年，次年改为永乐元年。凡建文年间贬斥的官员，一律恢复职务（如靖难初期因离间被贬的江阴侯吴高被再次起用，守大同）；建文年间的各项改革一律取消；建文年间制定的各项法律规定，凡与太祖相悖的，一律废除。但一些有利于民生的规定也被废除，如建文二年下令减轻洪武年间浙西一带的极重的田赋，至此又变重 。 成祖在靖难之役获胜后，向京城（今南京）军民发布公告：固守封地的藩王因左班奸臣挑唆导致骨肉被其残害，所以不得不起兵诛杀他们，以此来扶持江山社稷和保安亲藩。今次拟定的京城奸臣，有罪者人不敢赦免，无罪者不敢诛杀，如若误伤受到牵连又祸及到伤亡，绝非靖难本意。
建文四年六月廿五，朱棣诛杀齐泰、黄子澄、方孝孺，灭其族。其中方孝孺受牵连而死者共873人，充军等罪者千余人。因黄子澄受牵连的有345人。景清降后密谋行刺，事败，八月十二被杀，灭九族；后屠其家乡，谓“瓜蔓抄”。此外，众多建文旧臣如卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪、铁铉等，史称：“忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气。”他们的家属和亲人也被牵连，死者甚众，流放、被逼作妓女及被其它方式惩罚的人也不少。直至明仁宗即位后，大部份人始获赦免，余下的人的后代却迟至明神宗时始获赦免 。
在大肆诛杀之外，当月，朱棣将魏国公徐辉祖下狱，后释放并削其爵位。辉祖死后，其子嗣魏国公爵。黄观被朱棣所嫉恨，其状元的身份被革去。有误传说黄观是另外一个明朝连中三元的人，但黄观并不是连中三元的人《太学志》、《弇山堂别集》、《明史》、《罪惟录》、安徽地方志上面都写了黄观是殿试会试第一，没说乡试也第一。查继佐的《罪惟录》里关于黄观的部分明确写着：“贡洪武甲子，入太学，是岁领乡荐第二”，白纸黑字写着黄观是乡试第二名！
盛庸、平安（灵壁之战降）、何福、梅殷等先后投降。
靖难之役，文武众臣出力甚多，朱棣称帝后先后进行了封赏。
京城陷落后，六月十九，追封徐增寿为武阳侯，谥忠湣，后进为定国公，世袭。
靖难将士各有封赏。九月初四，论功行赏，大封众将。各赐冠服，给诰券 。 诛杀异己 黄子澄，凌迟，灭三族；
齐泰，凌迟，灭三族；
练子宁，凌迟，灭族；
卓敬，凌迟，灭族；
陈迪，凌迟，杀子；
铁弦，割其鼻耳塞入口中，然后问：“甘否？”铁弦答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”凌迟，灭族。
方孝孺，凌迟，灭族（注：此事出于野史，未见于正史。野史称方孝孺大书“燕贼篡位”，朱棣见他宁死不屈，威胁他说：“你不怕被诛九族吗？”方孝孺义正严辞地斥责说：“即使诛我十族又怎样？”朱棣怒不可遏，于是大肆搜捕方孝孺的亲属，还包括他的门生和朋友（即第十族），在方孝孺面前一一杀害，被杀者共达八百七十三人，而方孝孺则被腰斩于南京聚宝门外） 。
另外，黄子澄之妹，铁弦之妻， 发送教坊司（古代教坊司并不是妓院，而是官方管理乐籍人员的机构，“妓”与“伎”是不同的），在古代由士一族贬为乐籍，是一件很羞辱的事，伎者，在古代相当于现代的明星，从事文艺演出的，古代的诗词歌曲大多是由乐籍人员传递下来的 。 大封功臣 封公（2人，追封2人；省略除封爵外的其他封赏，下同）：
丘福：淇国公，子孙世世承袭（以下简称世袭）；
朱能：成国公，世袭；
张玉：追封荣国公，谥忠显；
陈亨：追封泾国公，谥襄敏。
封侯（13人，追封1人）：
张武：成阳侯，世袭；
陈圭：泰宁侯，世袭；
郑亨：武安侯，世袭；
孟善：保定侯，世袭；
火真：同安侯，世袭；
顾成：镇远侯，世袭；
王忠：靖安侯，世袭；
王聪：武城侯，世袭；
徐忠：永康侯，世袭；
张信：隆平侯，子孙世袭隆平伯；
李远：安平侯，子孙世袭安平伯；
郭亮：成安侯，子孙世袭成安伯；
房宽：思恩侯，子孙世袭指挥使；
谭渊：追封崇安侯，谥壮节。
封伯（12人）：
梁辰（星若）：真定伯，子孙世袭金吾、燕山卫千户；
徐祥：兴安伯，世袭；
徐理：武康伯，世袭；
李浚：襄城伯，世袭；
张辅：信安伯，世袭；
唐云：新昌伯，子孙世袭指挥使；
谭忠（谭渊子）：新宁伯，世袭；
孙岩：应城伯，世袭；
房胜：富昌伯，子孙世袭指挥使；
赵彝：忻城伯，世袭；
陈旭：云阳伯，世袭；
刘才：广恩伯，子孙世袭指挥同知。
归附并出力的建文旧臣封爵：
李景隆：仍为曹国公，增禄，世袭；
王宁：永春侯，世袭；
茹瑺：忠诚伯，以终本身；
王佐：顺昌伯，子孙世袭指挥使；
陈瑄：平江伯，子孙世袭指挥使。 由于洪武年间，北方的防务多由几位边王（如朱棣、朱权）负责，而靖难后朱棣徙诸边王于内地，导致华北防务空虚；又由于有唐朝之守外虚内、宋朝之守内虚外的教训，故在军事上，定都金陵（南京）、遥控将领守卫边界的风险很大；“天子守国门”则可以解决这一问题。另一方面，由于南京的建文帝影响较大，在政治上考虑，作为朱棣大本营的北平更加适合作为帝都。故考虑各种因素后，朱棣决定迁都北京。
永乐元年（1403年）二月，朱棣改北平为北京，名顺天府 （与元朝大都区别）；随后迁徙各地富民于北京 。称北京为行在。永乐年间，迁都北京的准备一直在进行，如建北京城、建宫殿、疏通漕运等；直到永乐十八年（1420年），北京皇宫（即紫禁城，故宫）和北京城建成，遂下令迁都，以南京作为留都 。
