如题所述
楼层 地下 一楼站厅站厅、售票机、客服中心地下 二楼1号月台←2号线列车往飞翔公园站（嘉禾望岗方向）岛式月台，开左边门2号月台2号线列车往广州火车站（广州南站方向）→
站厅
为方便行人进出，收费区位于站厅西侧处，东侧以及南北侧为行人通道及商店，商店主要是在大堂非收费区，收费区内设有多组扶手电梯及楼梯往返月台。专用电梯（升降机）由于设于站台南侧的非收费区域，乘客使用时需要车站工作人员检票后协助使用。
月台
三元里站设有一个岛式月台，位于三元里大道地底。
另外，本站北面设有一条存车线。本站仍为二号线北面总站时便使用该存车线折返。在早高峰短线开行期间，该存车线负责折返北行的短线车。短线车到达本站后，列车开门，所有乘客必须下车，随后车厢里的灯光会短暂熄灭，同时车站工作人员会上车清客，以提醒乘客尽快下车。需要继续前往飞翔公园至嘉禾望岗沿途各站的乘客需要在本站下车原地等候下一班长线车。所有乘客下车后，列车关门并重新开启车厢灯光，列车随即进入本站北面的存车线折返。而在其余时段内则会用于停放备用车，并在晚高峰期间向南开出疏导客流。
商铺
三元里站内提供不同类型的商店供乘客购物或进食，例如有便利店、面包糕饼店、凉茶店、书店、时装店以及洗衣店等。此外，三元里站也有不少自助服务设施供乘客使用，包括自动售卖机、自动照相机、中国建设银行自动柜员机等。车站内亦设有“好易”机，可充值羊城通，缴纳水电费以及交通罚款等服务，“M-Touch”机，可查询地铁线路、首末班车等资讯以及地铁安全指引的查询，更亦供乘客登记为广州地铁荟会员、查阅奖分、换领奖赏。
7-Eleven
美心西饼
天天洗衣
鸿福堂
日阅堂
棉元素
自然派
自助
中国建设银行自动柜员机
自助影相机
M-Touch地铁资料查询
好易（Hotye）多媒体自助服务终端
羊城通充值机
自动贩卖机
