女同事在微信上对我说“辛苦了!”有什么意思？

这个就要看你们两个人之间有什么事情了，如果是普通工作上帮助，那他可能是发自内心的说你辛苦了，来表示他对你的感谢。如果是其他方面的，那就要看你们两个人，是否有其他问题了。