公司进项发票不够另外注册小微企业开票

可以。
小微企业也可能是一般纳税人，只要是一般纳税人进项发票就有用，而不是以小微企业来划分的，因此进项发票不够的话是可以用小微企业开票，但纳税人必须为一般纳税人。