怎么分析顺式作用元件,反式因子

顺式作用元件直接用ChIp on Chip来做,简单的很所谓顺式作用因子,是指必须和目的基因位于同一DNA分子上才能发挥调控作用的的原件,因此通常他们是指一些核酸序列（启动子,增强子,miRNA的作用靶序列等等）,而反式作用因子的定义这是当它和被调节基因不位于同一DNA分子上时也能发挥调控作用（当然,在同一DNA分子上时也能发挥作用）,它们通常是DNA编码的蛋白或者核酸（转录因子,miRNA等等）.
假如我没记错的话,反式作用和顺式作用的定义最开始是在原核生物中建立起来的,可能是研究乳糖操纵子时引入的概率（不确定）,而原核生物是没有组蛋白的,因此chip-on-chip似乎不是研究顺势和反式作用的必需条件.
从定义上可以看出来,鉴定顺式和反正的作用首要的是要确定该元件发挥作用是否需要和目标基因在同一分子上.所有你首先该做的是把你怀疑的顺式或者反式作用原件克隆在同一个质粒（A组）上或者分别克隆在两个单独的质粒上(B组),假如是顺式作用的,仅在A中能看到调节作用,是反式作用的,在A和B中都能看到调节作用.在确定是顺式还是反式作用以后,在根据该元件的性质来研究所谓模式.