元朝在西藏设置了什么机构

元朝在西藏设置了宣政院，初名总制院，是元朝统治中国时期设立的一个直属政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。
至元元年，元世祖忽必烈下诏设立总制院。到了至元二十五年（1288年），尚书省右丞相兼总制院使桑哥，认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请，根据中国唐朝时期在宣政殿接待吐蕃使臣之例，而更名为宣政院。