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全长转录组基因组注释流程
基因组
-没有参考基因组,如何完成基因克隆?
答:
基本流程如下:
(1)转录组文库构建及上机测序(公司完成) (2)raw reads 质控过滤 (3)组装和拼接 (4)全长转录本分析
(5)ORF结构预测 (6)Unigene功能注释 上述步骤,简述了一个整体的流程,具体用到的软件或者脚本不一一列出。
转录组
数据分析RNA-seq
答:
1.数据质量控制:检查原始测序数据的质量,去除低质量的读段(reads)。2.序列比对:将质量控制后的读段与参考
基因组
或
转录
本数据库比对,以确定它们的位置。3.定量分析:统计每个基因的读段数,通常表达为FPKM(每千个碱基的片段数每百万映射读数)或TPM(每百万转录本的片段数)等标准化指标,以消除...
NCBI中各个标注的含义
答:
4)NG_***:genomic mixed,不完整的基因组区域,提供NCBI
基因组注释
途径。比较有代表性有不转录的假基因或者哪些很难自行化注释的基因组簇;5)NM_***:mRNA mixed,
转录组
产物序列;成熟mRNA转录本序列;6)NP_***:protein mixed,蛋白产物;主要是
全长转录
氨基酸序列,但也有一些只有部分蛋白质...
全长转录组
测序技术算不算生物信息学
答:
如果是普通mRNA可以直接去映射到go和kegg等生物学数据库,如果是非编码
基因
需要先定位到它的靶基因,然后去给靶基因进行go和kegg等生物学数据库
注释
。
全转录组
的测序 比如NPJ Breast Cancer . 2021 Dec 的文章:《Plasma extracellular vesicle long RNA profiles in the diagnosis and prediction of treat...
转录组
测序(bulk RNA-Seq)分析
流程
答:
转录组测序(bulk RNA-Seq)的详细分析
流程转录组
测序分析分为两个主要阶段:上游数据处理和下游数据分析,它们各自包含一系列步骤以揭示
基因
表达的深度洞察。上游数据处理首先,进行质量控制,通过fastqc和multiqc评估数据的准确性和可靠性,关注序列长度分布和测序错误率等指标。接着,使用trim-galore预处理...
转录组
研究技术主要有
答:
组织,器官或发育阶段的细胞群内所生产的各类RNA分子的类型和数量。分类:真核有参有
基因组
序列或
注释
信息可以查询:LncRNA CircRNA (lnc和circ需要参考基因组比对 SmallRNA
全转录组
真核无参:SmallRNA原核转录组(需要参考基因组)判断是否有参考基因组,可以在各大数据库里查找,比如NCBI。
知道一个
基因
的
转录
本,如何去寻找他的
全长
的同源序列?在其他物种里_百 ...
答:
要寻找一个
基因
的
全长
同源序列在其他物种中,你可以使用生物信息学工具和数据库进行比对和搜索。下面是一些常用的方法:1. 基因数据库搜索:使用类似于NCBI(National Center for Biotechnology Information)提供的大型公共数据库,如GenBank或Ensembl等,搜索你感兴趣的基因名称或
转录
本ID。这些数据库包含许多...
1+1>2,GWAS+
转录组
联合分析,你一定要知道!
答:
结合种子含油量(SOC)性状进行 GWAS 分析,鉴定得到27个与含油量显著相关的 QTL 位点。同时该研究还选取部分材料,对两个发育阶段(20DAF,309份材料;40DAF,274份材料)的种子进行
转录组
测序,并鉴定了
基因
表达与 SOC 之间的关联性,分别在20DAF和40DAF材料中检测到605个和148个与 SOC 显著相关的...
rna-seq技术是什么
答:
传统方法通常需要富集mRAN,片段化mRNA,反转录和加接头,及扩增等。缺点是只能每个样品独立建库,获得的
全长转录组
信息中绝大多信息在后期分析中极少用到,普遍存在建库步骤多、耗时长、效率低、测序深度不够、成本高等问题;如果成百上千的样品需要测序,例如目前历程研究经常必须进行的成千上万样品的大...
转录组
测序后克隆
基因
需要RACE吗?
答:
如果严格需要克隆一个
基因
的
全长
,那么最好的办法就是用RACE了。如果不是严格需要全长,你已经得到了大部分序列,并且认为剩下的序列也不太重要,那么就直接cDNA扩增即可。
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