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关联分析群体结构和亲缘关系
9.2 GWAS:
关联分析
——TASSEL(GLM/MLM/CMLM)
答:
关联分析
所用到的vcf文件是在上一步
亲缘关系
中,进行排序后的文件 将
群体结构
分析中生成的.Q文件,增加一列对应的sample名,一行亚群名。5. GWAS:群体结构——Admixture - (jianshu.com)亲缘关系得到的kinship文件进行整理,第一行为sample数,第一列为sample名,中间为矩阵,下图以GCTA结果为例。8...
GWAS基本
分析
内容
答:
亲缘关系:相似性系数热图、遗传距离 3)
群体结构和亲缘关系
是导致
关联
结果出现 假阳性 的两个主要因素(课程里谢坤大牛用实例说明了群体结构和亲缘关系的选择对结果的巨大影响,比如玉米Dwarf8基因 Lessons from Dwarf8 on the Strengths and Weaknesses of Structured Association Mapping )1)选择...
2021-01-27林木全基因组
关联分析
(GWAS)研究进展与展望
答:
1、全基因组
关联分析
(GWAS)是一种复杂性状功能定位的正向遗传学分析策略, 可直接利用
群体
内所有个体全基因组水平上的等位遗传变异和表型变异的相关性分析, 鉴定与目标性状显著连锁的等位变异位点,进而分析等位基因型对表型的遗传效应, 在植物数量性状遗传
结构
解析中取得了丰硕成果。2、LD水平决定了GWAS的解...
GWAS:混合线性模型
分析
多性状GWAS(MTMM)
答:
群体结构和亲缘关系
kinship在GWAS中会被考虑到,这里我们又增加了多性状之间的关系,它可以考虑性状间和性状内的方差组分,用来进行GWAS的
分析
。我们的结果表明,它可以提高对位点的检测效率,同时保证较低的假阳性率。用三种模型进行比较:测试模型用三种方法:The MTMM function as published in Nature Ge...
关联分析
的常用方法
答:
第一,以自然群体为材料,无须构建作图群体,极大缩短了基因定位的周期。第二,通过统计群体的多个性状信息和基因组信息,可实现多个基因定位,而连锁作图只能定位某一相对性状。第三,
关联分析
作图群体的
群体结构
具备丰富的遗传多样性,使得定位更加精确,检测出小效应的位点。但由于群体结构的存在,关联分析...
全基因组选择之模型篇
答:
如果要在
亲缘关系
矩阵中考虑
群体结构
带来的影响,可根据个体遗传关系的相似性将其分组,然后将压缩后的组别当做协变量,替换掉原来的个体,而组内个体的亲缘关系都是一样的。因此在构建基因组关系矩阵时,可用组别的遗传效应值来代替个体的值,用个体
对应
的组来进行预测,这就是cBLUP(Compressed BLUP)。 以上思路都提到了...
什么是
关联关系
,都有哪些类型
答:
1.
关联关系
定义:它涉及对
群体
中不同类对象之间的
结构关系
进行
分析
分类组合的形态,例如依赖关系等。2. 企业关联关系类型:通常包括直接或间接持有对方股份;双方直接或间接同为第三方持有股份;一方通过中间方对另一方间接持有股份;企业高级管理人员同时担任另一方的高级管理人员;一方至少一名董事会高级成员...
群体结构
——系统发育树的基本概念
答:
本文具体介绍生物信息学
分析
中最常用的
群体结构
展示图形——系统发育树,分为两部分进行说明:系统发育树的基本概念和系统发育树的构建。第一部分 第二部分 系统发育树(英文:Phylogenetic tree)又称为进化树(Evolutionary tree),是表明被认为具有共同祖先的各物种间进化
关系
的树。是一种
亲缘
分支分类方法...
分析群体
内部的
关系
主要用
答:
分析群体
内部的
关系
主要用社网图。社网图,亦称"社会测量图示”。在社会关系测量中表明群体成员之间相互吸引或排斥的关系模式的图表。通常依据群体成员对交往的意愿等问题所作回答绘制而成。通过对社网图基本
结构
的分析,有助于了解各种人际选择的状态,如孤立、被选、互选、次群体、中心人物、首领等,从而...
GWAS
与
GS模型介绍与比较
答:
MLM模型可以把
群体结构
的影响设为协方差,把这种位点校正掉。此外,材料间的公共祖先关系也会导致非连锁相关,可加入
亲缘关系
矩阵作为随机效应来矫正,即y=Xb+Zu+e,Z为亲缘关系矩阵,u为个体育种值,其他同GLM。GLM是固定效应模型。MLM除了固定效应,还加入了随机效应,即亲缘关系矩阵。所谓的固定效应是...
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