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蛋白质结构预测网站
蛋白质结构预测
与分析常用网址(中)
答:
(1)、利用软件自动绘制蛋白质主链二面角 Ranmachandran 图,判断处于Ranmachandran 图中许可区域的氨基酸的比例是否高于85%,检查分子中的键长、键角和过近接触等,通过判断这些立体化学性参数的异常来判断所建模型的好坏; (2)、统计实验测定的
蛋白质结构
,得到打分函数,再比较
预测
模型的打分,从而实现对预测模型的评估。
SWISS-MODEL--目标
蛋白
三级
结构预测
答:
SWISS-MODEL
网站
地址: https://www.swissmodel.expasy.org/ 是一款用同源建模法
预测蛋白质
三级
结构
的全自动在线软件。 Step1:打开网址 https://www.swissmodel.expasy.org/ →Start Modelling
常用的查询
蛋白质结构
以及序列的数据库主要有哪些?
答:
数据库由
蛋白质
序列条目构成,每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等,注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级
结构
、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列,并与其它30多个数据建立了交叉引...
分子模拟第一弹——基于SWISS-MODEL的
蛋白
三维
结构预测
答:
学过相关生物知识的同学都知道,蛋白质的一级结构决定了其高级结构,所以,我们可以根据已有的天然
蛋白质结构
对未知
蛋白结构
进行
预测
。其中最常用的方法之一就是比较建模法( comparative modeling method),即我们常听到的同源建模(Homology Modeling),而SWISS-MODEL在线...
请问哪个
网站
可以分析
蛋白质结构
域啊?
答:
生物秀不错的,它创建于2003年,是目前国内内容最专业、系统最完善和技术最先进的生物医药门户
网站
。生物秀以自主创新和勇于开拓的精神,立足于互联网技术在生命科学领域的拓展,通过先进的网络技术为生物医药领域提供各种应用和信息化服务,即让IT技术为BT(Biology Technology)服务,从而助推后IT时代下的生命...
怎么用SMART
网站
做
蛋白质结构
域?
答:
使用SMART
网站
做
蛋白质
的
结构
域的注意事项:SMART有两种不同的模式:normal或genomic,主要是用的数据库不一样。NormalSMART,用的数据库Swiss-Prot,SP-TrEMBL和stableEnsemblproteomes。GenomicSMART,用全基因组序列。1、SMART进行时,可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/Ensembl ID / accession ...
有没有输入碱基能
预测蛋白质
三级
结构
的软件或
网站
答:
http://swissmodel.expasy.org/ 这个是最经典的 但是你要先翻译成氨基酸序列 不知道你是想要基于什么技术的
预测
方法
怎样分析
预测蛋白质
的跨莫
结构
跨膜结构
答:
进入ExPASy的
网站
:http://expasy.org/tools/protscale.html,选择Hphob. / Kyte & Doolittle 。将氨基酸序列输入,得到一个图表,其中数值越大的部分表示这段氨基酸序列的疏水性越强,越有可能是跨膜区域,再与已知的同源
蛋白质
比较(NCBI中的BLAST),即可大致
预测
跨膜
结构
。所采用的氨基酸亲水性算法请...
国际著名的三大
蛋白质
数据库
答:
国际著名的三大
蛋白质
数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。1、UniProt数据库 蛋白组学常用数据库UniProt(全称UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的,其信息量丰富、资源广泛,是目前公认的首选免费...
常见的
蛋白质结构
域的
预测
软件有哪些?
答:
作为
蛋白质
的转录因子从功能上分析其
结构
可包含有不同区域:①dna结合域(dna binding domain),多由60-100个氨基酸残基组成的几个亚区组成;②转录激活域(activating domain),常由30-100氨基酸残基组成,这结构域有富含酸性氨基酸、富含谷氨酰胺。
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