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远端调控元件
远端调控元件
与受体的关系
答:
相互依附。
远端调控元件
是一种增强子又称强化子,与受体蛋白是相互依附。受体是可溶性蛋白,可以绑定到特定调控元件,转录作为细胞类型和特异性启动子的调节器。
Nature Plants | 广泛分布在玉米基因组中的远距离顺式
调控元件
答:
在玉米基因组中,研究人员揭示了一个重要的发现:基因与远距离基因间的
调控元件
(CREs)广泛存在,并可能对作物的农艺性状产生深远影响。尽管在动物研究中这一领域已取得一些进展,但在植物领域,特别是玉米,关于CREs的探索还有待深入。研究团队通过遗传、表观基因组和功能性分子证据,确认了dACRs(基因-...
...基于染色质交互的玉米基因表达量预测及其
调控元件
挖掘方面取得进展...
答:
染色质相互作用在基因组中创造
远端调控元件
与靶基因之间的空间临近性,对基因表达、转录调控和表型特征至关重要。然而,目前的预测方法未充分考虑染色质相互作用对基因表达量的影响,也未深入探索重要调控元件,植物领域尤其是玉米中这方面研究相对较少。华中农业大学玉米团队于2024年6月10日在Plant Communicati...
生物信息学笔记-术语篇
答:
增强子(enhancer),又称强化子(transcriptional enhancer),是一种
远端调控元件
,至少距转录起始点上游100bp以上,通常位于-700~-1000处,所以又称为上游激活序列(upstream activator sequence, UAS)。 增强子也要通过与特定的蛋白质因子(转录因子)结合而实现其对转录的增强作用。 静止子 是一种类似增强子但起负调控作用的...
Hi-C技术及分析简述
答:
最近研究揭示了人基因组中存在数百万的潜在的顺式调控元件,其中大量位于基因间区和远离其靶基因的启动子区。这些主要由增强子组成的
远端调控元件
,在生物发育过程中通过基因组中形成的Loop结构影响目标基因的转录,从而实现对目标基因的调控.另外通过结合BS-seq、ChIP-seq和RNA-seq数据分析发现揭示染色体空间结构与基因组...
真核生物可能在哪些水平上实现对基因的表达
调控
答:
真核基因的启动子有三个元件构成,而原核基因的启动子一般只有两个元件,-10位置的TATAbox和-35位置的TTGACAbox。 增强子的结构和功能 增强子(enhancer),又称强化子(transcriptional enhancer),是一种
远端调控元件
,至少距转录起始点上游100bp以上,通常位于-700~-1000处,所以又称为上游激活序列(upstream activator seque...
【2020-7 NG】晚期前列腺癌的DNA甲基化landscape
答:
为了研究
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,我们拓宽了EHMR搜索范围(1Mb)。通过在原发性前列腺肿瘤中H3K27ac峰来确定候选增强子。 在FDR设定为0.05下,10412个基因至少与一个增强子关联,11928个基因至少与一个EHMR关联。研究表明距离TSS距离越近,甲基化与基因表达关系越紧密。 我们发现,与前列腺良性样本相比,mCRPC中雄激素关键应答基因,...
单细胞ATAC亚群分析
答:
2)而ArchR是通过 addGeneScoreMatrix() 函数 https://www.archrproject.com/reference/addGeneScoreMatrix.html 来实现的(createArrowFiles函数也会用默认参数得到genescore matrix矩阵),注意其计算原理稍微复杂,ArchR考虑到
远端调控元件
对基因活性的影响,因此默认的upstream和downstream范围更广。在ArchR...
使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据(一): SnapATAC简介与安装_百度知 ...
答:
SnapATAC (Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq) 是一个能够快速、准确和全面分析单细胞ATAC-seq数据的R包,它可以对单细胞ATAC-seq数据进行常规的数据降维、聚类和批次校正分析,鉴定
远端调控元件
并预测其调控的靶基因,调用chromVAR软件进行motif分析,同时还可以将scRNA-seq和scATAC-seq数据进行...
IF=27! Hi-C,发表高分Paper的开挂神器,你需要了解一下
答:
此外,SVs可以通过破坏
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影响癌症相关基因的表达,从而影响基因表达。研究还揭示了结构变异对三维基因组组织的影响,发现基因突变会破坏拓扑结构域(TADs),导致发育障碍中的基因表达失调。利用Hi-C数据鉴定了20个癌细胞株中的SVs,系统地研究了结构变化对TAD结构的影响,观察到neo-TADs是癌细胞大...
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