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拟时序分析
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拟时序分析指的是根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况,构建细胞谱系发育。这个时间并不是真的时间,而是一个虚拟的时序列,是指细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。
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是我们经常用的拟时序分析工具,可以使用bioconductor安装。目前已经更新到第3版本,monocle3安装有点麻烦,可以参考
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测试2:
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推荐的版本,相比于DDRTree算法,UMAP算法进行轨迹推断可能会更直观,算法上也进行了优化,
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3正式继承了Monocle2中迭代的灵魂算法,并舍弃了其中被诟病的轨迹图生成部分,引入了以PAGA为蓝本的基于图谱的轨迹推断流程,相比于2,速度和内存消耗都感人了很多,官网学习地址 Monocle (...
全球精品杂志,推荐你这20本!
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JOH & COMPANY的家族成员更是多元,
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包的使用方法
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教程: http://cole-trapnell-lab.github.io/
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-release/docs/#getting-started-with-monocle 或在R中运行以下命令:
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是用于分析single-cell RNA-seq的R包,能够将细胞按照模拟的时间顺序进行排列,显示它们的发展轨迹如细胞分化等生物学过程。Monocle从数据中用无监督或半监督(?)...
家居控的终极遛弯指南|纽约篇
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Kinfolk 和 Ouur 品牌背后是怎样一个团队?
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和一些与kinfolk主创团队认识的朋友聊过这个 - ouur设计师团队主要在日本,kinfolk的波特兰主创团队应该是做一些整体定位和策划。我觉得作为by-product,这个举动是比较明智的,毕竟目前独立出版的趋势很好,但问题是趋同性很高 - 对于消费者来说独立于纸质媒体的相关产品和活动才是能完善品牌意识和生活方式态度...
拟时序分析后细胞类型按照不同state进行区分
答:
对于细胞谱系推断图的生成,reduceDimension函数起着核心作用。通过调整相关参数,我们可以清晰地看到真实的细胞发育轨迹,如GW16和GW21孕期细胞。而state概念在
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教程中有所提及,有助于理解图中的状态变化。尽管reduceDimension函数的使用相对直观,但其返回值的详细解读需要深入挖掘。函数的帮助文档主要...
单细胞数据处理小细节汇总
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找类群数目和可视化可以说没有关系。 map函数: R语言循环第三境界:purrr包map函数! 浅析R语言中map(映射)与reduce(规约) 参考:
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2 查看不同细胞群的中位基因也是一样 查看不同样品的中位基因也是一样 或者也可以 已赞过 已踩过< 你对这个回答的评价是? 评论 收起 ...
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