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怎么在NCBI上比对氨基酸序列
生物信息学有哪些经典的应用实例?
答:
直接对蛋白质结构进行
比对
的原因是由于蛋白质的3维结构比其一级结构在进化
中
更稳定的保留,同时也包含了较AA序列更多的信息.蛋白质3维结构研究的前提假设是内在的
氨基酸序列
与3维结构一一对应(不一定全真),物理上可用最小能量来解释.
从
观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构....
如何
用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树
答:
MEGA是一个关于
序列
分析以及比较统计的工具包,
从
3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉,现在推出了Mega5.0版本。功能比以前多有改进。现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。供大家参考。用MEGA构建进化树有以下步骤:1、测序:将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。2、
NCBI上
做...
NCBI
基因及启动子
序列
查找
答:
当已知基因名或ID时,可通过
NCBI
搜索基因序列。首先登陆NCBI官网,在下拉菜单选择gene,搜索基因名或ID。NCBI: https://www.
ncbi
.nlm.nih.gov/ 这里选取一个调节根系发育的基因AT5G61350进行示例。在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式)是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或
氨基酸序列
的格式...
氨基酸序列
与蛋白质序列有什么区别啊?
答:
氨基酸序列
组成一定的蛋白,一定的蛋白发挥出不同的功能 两者来说效果一样,只是氨基酸序列单位更小而已,就象用厘米与分米表现同一样东西的大小仅仅是数据的大小一样而已,最终效果一样 如果不确定就去请教医生
...蛋白质
序列
??
怎样
查到某一
氨基酸
处于某一结构域
中
?
答:
1
NCBI
ORF finder 2 NCBI Blast 3 看看该SNP所改变的密码子是否和原来的密码子编码同一个
氨基酸
(
从
ATG开始,3n)
已知
氨基酸序列
,
如何
克隆出基因
答:
先列出
氨基酸
的简并密码子,然后设计探针,即得知其核苷酸
序列
,然后进行PCR扩增
关于DNA正负链的定义
答:
关于DNA正负链的定义 最近做
序列比对
,目标是将一群exon系列比对到一批给定的转录本
序列上面
。用了
NCBI
的blast工具。发现结果当中每个exon在目标转录本上的匹配位置与这些exon在bed文件中的顺序是相反的。查了一下文献,整理如下。首先,是一些定义,参考 https://www.biostars.org/p/3423/ 这个帖子当...
在NCBI里
的CDS是什么意思?
答:
就是编码区啊,编码
氨基酸序列
的。 就是orf序列。参考资料:http://yunbio.com/
怎样
去查一个酶的基因
序列
答:
确定这个酶的种类,如果是RNA就通过碱基配对得到DNA。如果是蛋白质,就检测得到蛋白质类型查找对应
氨基酸序列
,再得到RNA DNA。但因为一种氨基酸可以由多种序列决定,而且蛋白质有一定的空间结构影响其功能,加之在转录翻译过程
中
细胞会对其进行修饰,所以没有专业的知识和仪器,要倒推是比较困难的 ...
已知部分基因
序列
,
如何
获得全长基因?
答:
连接介导聚合酶链反应是以连接反应为基础的单侧PCR技术,首先通过基因组DNA酶切,在酶切后的DNA片段的一端连接上一个公共连接子,而后用这个连接子为引物与另一个基因特异引物进行扩增,得到了包含连接子在内的基因
序列
。连接介导PCR又分为连接载体的PCR、连接单链接头的PCR和连接双链接头PCR。此方法原理简单,操作方便...
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