已知鹌鹑的某基因序列了，不是fasta格式，并从EMBL中下载了其他物种该基因的fasta格式数据，怎样BLAST对比同源性，我从SWISS-PROT下载了蛋白序列fasta格式的，但是不知道怎么预测等电点，跨膜区域，信号肽，二级结构，如何比对。急求高人指点一二。还有，PCR退火温度是不是引物Prime软件设计图上那个Tm。
第一个问题你可以转换成FASTA格式，或者把所有的序列在NCBI中用BLAST两两对比。
蛋白类的我不懂，不便说。
PCR退火温度一般式设计软件Tm减去1-3度，根据实验调整
蛋白类的我不懂，不便说。
PCR退火温度一般式设计软件Tm减去1-3度，根据实验调整
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第1个回答 2012-05-30
假如你有了 这2段基因，那可以用DNAMAN 进行比对，很方便的。
第2个回答 2012-05-29
对比同源性一般不是用BLAST，而是用DNA alignment. 可以用软件MEGA。 有序列了做一个fasta还不容易吗？建一个txt文件，写入下面类似的东西：
>your gene name and other stuff
atttcccctgggg
这就是fasta格式。
“预测等电点，跨膜区域，信号肽，二级结构”，这么复杂的东西，不是在知道上问问就能找到答案的。多在google上搜索一下，记得是google，不是百度。搜索什么什么 prediction，应该有相应的软件或网站的。科研不是“急求”就能求到的，不懂的东西多半还是要靠自己搜，没有人知道得那么全面。
PCR退火温度需要比Tm低一些，但是Tm会根据条件不同而变化，所以还是自己试出来的。退火温度高一点，会提高特异性，但也可能P不出来，一切看你的目的。多试。本回答被提问者采纳
>your gene name and other stuff
atttcccctgggg
这就是fasta格式。
“预测等电点，跨膜区域，信号肽，二级结构”，这么复杂的东西，不是在知道上问问就能找到答案的。多在google上搜索一下，记得是google，不是百度。搜索什么什么 prediction，应该有相应的软件或网站的。科研不是“急求”就能求到的，不懂的东西多半还是要靠自己搜，没有人知道得那么全面。
PCR退火温度需要比Tm低一些，但是Tm会根据条件不同而变化，所以还是自己试出来的。退火温度高一点，会提高特异性，但也可能P不出来，一切看你的目的。多试。本回答被提问者采纳
