如题所述
SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger
单细胞RNA测序技术的兴起极大地推动了基因表达研究的发展。面对日益增多的分析工具,理解并构建有效的单细胞分析工作流变得至关重要。cellranger,由10X Genomics公司推出的专用工具,简化了这一过程。它包括一套从数据预处理到下游分析的完整步骤,如mkfastq、count、multi、aggr和reanalyze,旨在处理不同类型的单细胞数据,如3'基因表达、细胞多路复用和固定RNA分析。
cellranger mkfastq:负责将Illumina测序仪生成的BCL文件转换为FASTQ文件,是bcl2fastq的增强版,专为10X Genomics样本格式设计。
cellranger count:处理FASTQ文件,执行对齐、过滤、计数和UMI分析,生成基因表达矩阵,适用于单样本或跨多个流单元的分析。
cellranger multi:处理Cell Multiplexing和Fixed RNA Profiling数据,支持特征条码数据分析。
cellranger aggr:聚合多个cellranger实例的输出,实现深度归一化和数据合并分析。
cellranger reanalyze:用于重新分析已有特征条形码矩阵,调整参数以优化分析结果。
根据样本、GEM孔和流式细胞的数量与类型,cellranger提供了多种工作流程示例,如单样本单GEM孔分析、多样本多GEM孔聚合等。对于复杂的数据类型,如多路复用和固定RNA分析,cellranger提供了专用的多管道处理。
为了开始分析,需从BCL文件开始,通过cellranger mkfastq进行转换,或直接使用已解码的FASTQ文件。每个工作流程的具体步骤在相关页面有详细指导。cellranger不仅提供了数据处理工具,还配合Loupe Cell Browser,帮助研究人员深入挖掘单细胞数据的生物学意义。
桓峰基因提供全面的cellranger支持,包括软件安装、参考数据和示例数据的获取。对于资源需求较高的服务器操作,桓峰基因提供专业的服务协助。未来,桓峰基因公众号将持续发布单细胞系列生信分析教程,敬请关注。
温馨提示:答案为网友推荐,仅供参考