SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger

SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger

单细胞RNA测序技术的兴起极大地推动了基因表达研究的发展。面对日益增多的分析工具，理解并构建有效的单细胞分析工作流变得至关重要。cellranger，由10X Genomics公司推出的专用工具，简化了这一过程。它包括一套从数据预处理到下游分析的完整步骤，如mkfastq、count、multi、aggr和reanalyze，旨在处理不同类型的单细胞数据，如3'基因表达、细胞多路复用和固定RNA分析。

cellranger mkfastq：负责将Illumina测序仪生成的BCL文件转换为FASTQ文件，是bcl2fastq的增强版，专为10X Genomics样本格式设计。
cellranger count：处理FASTQ文件，执行对齐、过滤、计数和UMI分析，生成基因表达矩阵，适用于单样本或跨多个流单元的分析。
cellranger multi：处理Cell Multiplexing和Fixed RNA Profiling数据，支持特征条码数据分析。
cellranger aggr：聚合多个cellranger实例的输出，实现深度归一化和数据合并分析。
cellranger reanalyze：用于重新分析已有特征条形码矩阵，调整参数以优化分析结果。

根据样本、GEM孔和流式细胞的数量与类型，cellranger提供了多种工作流程示例，如单样本单GEM孔分析、多样本多GEM孔聚合等。对于复杂的数据类型，如多路复用和固定RNA分析，cellranger提供了专用的多管道处理。

为了开始分析，需从BCL文件开始，通过cellranger mkfastq进行转换，或直接使用已解码的FASTQ文件。每个工作流程的具体步骤在相关页面有详细指导。cellranger不仅提供了数据处理工具，还配合Loupe Cell Browser，帮助研究人员深入挖掘单细胞数据的生物学意义。

桓峰基因提供全面的cellranger支持，包括软件安装、参考数据和示例数据的获取。对于资源需求较高的服务器操作，桓峰基因提供专业的服务协助。未来，桓峰基因公众号将持续发布单细胞系列生信分析教程，敬请关注。