委托付款三方支付协议合法吗

法律分析：合同约定第三方付款属于合法行为。公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。应要就交易对象与代付款的第三方共同出具书面说明，确认由第三方代为支付款项的事实。或者向交易对象、代付款的第三方发送确认函并要求回执。

法律依据：《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。