政府部门设立的投资公司对城市基础设施取得的进项税额是否可以抵扣

可以。
企业在使用政府补贴资金购买固定资产时，除非是属于税法规定不得抵扣进项税额的情况，就可以依法抵扣进项税额。
另外，政府补助的增值税的处理与企业所得税的处理，是互不干涉的。政府补助可以按照不征税收入处理，是企业所得税方面的规定。

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