有权决定特别行政区的设立及其制度的机关是

全国人民代表大会行使下列职权：

修改宪法；监督宪法的实施；制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律；改变或者撤销全国人民代表大会常务委员会不适当的决定。

审查和批准国民经济和社会发展计划和计划执行情况的报告；审查和批准国家的预算和预算执行情况的报告。

选举全国人民代表大会常务委员会委员长、副委员长、秘书长和委员；选举中华人民共和国主席、副主席；根据中华人民共和国主席的提名，决定国务院总理的人选；根据国务院总理的提名，决定国务院副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长的人选；选举中央军事委员会主席；根据中央军事委员会主席的提名，决定中央军事委员会其他组成人员的人选；选举最高人民法院院长；选举最高人民检察院检察长。有权罢免上述人员。

批准省、自治区和直辖市的建置，决定特别行政区的设立及其制度；决定战争和和平的问题。

其中的一项是决定特别行政区的设立及其制度 。可见答案是全国人民代表大会本回答被网友采纳

我国《宪法》第62条规定了全国人民代表大会有行使设立特别行政区及其制度的职权。
《中华人民共和国宪法》
第六十二条　全国人民代表大会行使下列职权：
（一）修改宪法；
（二）监督宪法的实施；
（三）制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律；
（四）选举中华人民共和国主席、副主席；
（五）根据中华人民共和国主席的提名，决定国务院总理的人选；根据国务院总理的提名，决定国务院副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长的人选；
（六）选举中央军事委员会主席；根据中央军事委员会主席的提名，决定中央军事委员会其他组成人员的人选；
（七）选举最高人民法院院长；
（八）选举最高人民检察院检察长；
（九）审查和批准国民经济和社会发展计划和计划执行情况的报告；
（十）审查和批准国家的预算和预算执行情况的报告；
（十一）改变或者撤销全国人民代表大会常务委员会不适当的决定；
（十二）批准省、自治区和直辖市的建置；
（十三）决定特别行政区的设立及其制度；
（十四）决定战争和和平的问题；
（十五）应当由最高国家权力机关行使的其他职权。

全国人民代表大会

全国人大