仅凭基因序列信息，能否确定物种起源？

物种内检测不同个体的遗传标记或者序列信息可以很容易判断个体之间的亲缘关系。物种间，要选择同源基因的序列信息，也能判断物种之间的遗传距离或者某个同源基因的遗传距离。要确定物种起源，应该很难吧。多久之前算起源，祖先样本如何获得。还有，同源和旁源从分子角度怎么鉴定，分子钟吗，突变或者回复突变怎么识别，突变概率怎么办，模型用哪个等等等。从最简单地开始，只考虑一个同源基因A，构建基因A的分子进化树。试着用MEGA软件做一次就可以了解大概。大概是，先获得多个物种的A基因DNA序列进行多序列比对，或者A基因的蛋白质序列，进行蛋白质序列比对。参考某一个比对打分模型（碱基替换模型，Blossom之类的）得到比对结果，然后用极大似然法，最小距离法等等各种算法建树，再计算一下此进化树可靠性，比如bootstrap自举法好像中文叫这个名字。基本上可以明确该基因的进化关系，但是不能确定哪个是祖先，只能说明遗传距离远近。获得物种间的遗传距离和进化树，则需要更多的同源基因序列信息。这里只是说个大概过程，丢了好多细节，至于具体计算方法，文献好多好复杂，不介意不求甚解的话，还是从MEGA软件入手，看一下说明文档，常用的模型和算法名字都列在上面了。至于研究物种进化的方法，如果只从分子信息进行计算推导的话，这么多年，还是哪些吧。主要还是前提假设模型算法是否合理。然后非常能容忍误差，计算出来两个物种在几百万年前分化，然后计算误差是几百万年。