我知道有好多版本是这样的：
阿笠博士真实面目：黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就 怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且 从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和 新一，大 家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的 同伴与监护人，并且柯南实际上成 了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说 明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察 药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排 一个间谍时 刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变 小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五 郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以 后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
这是真的吗？
我要官方资料哦！还有，不要啦个网站给我自己找。
《名侦探柯南》大结局（官方版）
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及柯南的协助下几次阻止了其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。在黑暗组织的总部，gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团……
柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看到。在兰的要求下．．
小五郎和警方对暗示苦思不解，但小五郎在睡梦中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的含义。
gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放了哀，突然gin被枪击倒。真正的gin出现并揭穿之前的他是基德假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当场……
兰赶到现场，正碰到gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白后gin开枪，兰替柯南挡下子弹。哀对此震惊不已……
柯南终于在紧要关头用麻醉枪射中gin，而哀与胖子在搏斗中一同从楼上跌下。对药物有强烈抗性的gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对coolguy十分欣赏的cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打出手，十分英勇。在众人的围攻下，gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女政治家gino的私生子的秘密后自杀。cris此时说出自己是美国安插在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南只好如此。而柯南变身时被布美看到。深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。由于这件案子，众人都变成名人，兰很适应。优作则要求新一及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自己和柯南的照片垂泪……
这只是猜测
同人里面爱怎么写就怎么写吧~~~还有把服部作为黑衣人头目的呢~~理由居然是服部嫉妒新一~~~晕死~~~ = =
至于官方，目前应该播到柯南与黑衣组织打斗的地方了~~但是幕后黑手还没说是谁~~~本回答被提问者采纳
现在柯南的动画到了513 充满杀意的咖啡香,漫画是FILE.661 银白的魔女
都是一些案件什么的,没什么有突破性的情节出现.
如果是的话
那柯南也就成了阿笠的冷笑话了
