公司给员工多算了工资怎么在个税系统处理

法律主观：

在我国个人所得税法中有明确规定，员工工资薪金，劳务报酬是需要依法缴纳个人所得税款，且这两项属于综合所得，按照年度所得总额计算个人所得税。
一、员工工资个税怎么计算
1、应纳税所得额=月度收入-5000元（起征点）-专项扣除（三险一金等）-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。
2、应纳税额=应纳所得额×税率。
例：已婚人士小李在北京上班，月收入1万元，“三险一金”专项扣除为2000元，每月租金4000元，有一子女上幼儿园，同时父母已经60多岁。
析：起征点为5000元的情况下，没有专项附加扣除，每月需缴纳(10000-5000-2000)×3%=90元个税。
根据新政策，小李就可以享受住房租金1200元扣除、子女教育1000元扣除、赡养老人1000元扣除(跟姐姐分摊扣除额)，所以，个税=(10000-5000-2000-1200-1000-1000)×3%=0元。
注：新个税法于2019年1月1日起施行，2018年10月1日起施行最新起征点和税率。新个税法规定，自2018年10月1日至2018年12月31日，纳税人的工资、薪金所得，先行以每月收入额减除费用五千元以及专项扣除和依法确定的其他扣除后的余额为应纳税所得额，依照个人所得税税率表（综合所得适用）按月换算后计算缴纳税款，并不再扣除附加减除费用。
二、个税专项附加扣除有哪些
个税专项附加扣除如下；
1、子女教育：纳税人的子女接受全日制学历教育的相关支出，按照每个子女每月1000元的标准定额扣除。
2、继续教育：纳税人在中国境内接受学历（学位）继续教育的支出，在学历（学位）教育期间按照每月400元定额扣除。同一学历（学位）继续教育的扣除期限不能超过48个月。纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育的支出，在取得相关证书的当年，按照3600元定额扣除。
3、大病医疗：在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担（指医保目录范围内的自付部分）累计超过15000元的部分，由纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除。
4、住房贷款利息：纳税人本人或者配偶单独或者共同使用商业银行或者住房公积金个人住房贷款为本人或者其配偶购买中国境内住房，发生的首套住房贷款利息支出，在实际发生贷款利息的年度，按照每月1000元的标准定额扣除，扣除期限最长不超过240个月。纳税人只能享受一次首套住房贷款的利息扣除。
5、住房租金：纳税人在主要工作城市没有自有住房而发生的住房租金支出，可以按照以下标准定额扣除：
（1）直辖市、省会（首府）城市、计划单列市以及国务院确定的其他城市，扣除标准为每月1500元；
（2）除第一项所列城市以外，市辖区户籍人口超过100万的城市，扣除标准为每月1100元；市辖区户籍人口不超过100万的城市，扣除标准为每月800元。
6、赡养老人：纳税人赡养一位及以上被赡养人的赡养支出，统一按照以下标准定额扣除：
（1）纳税人为独生子女的，按照每月2000元的标准定额扣除；
（2）纳税人为非独生子女的，由其与兄弟姐妹分摊每月2000元的扣除额度，每人分摊的额度不能超过每月1000元。可以由赡养人均摊或者约定分摊，也可以由被赡养人指定分摊。约定或者指定分摊的须签订书面分摊协议，指定分摊优先于约定分摊。具体分摊方式和额度在一个纳税年度内不能变更。就能得到该年所需缴纳的个人所得税的最终数值。

法律客观：

《个人所得税法》
第三条
个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。

《个人所得税法》
第十一条
居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；
有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；
需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。