医疗器材公司开给医院的是增值税普通发票。然后我把公司认定为了一般纳税人，怎么办？

对于出票的一般纳税人单位来说，它开出来的《增值税专用发票》或《增值税普通发票》，他所缴纳的税款是相同的，都是17%的销项税，扣进项后缴税。
而对于收票单位来说，它若是一般纳税人，那应当收《增值税专用发票》，对方所缴的销项，即为自己的进项，是可以按票面税金可以抵扣的，从而合理的少缴税款。若收到了《增值税普通发票》，那很抱歉，税款不能抵扣。
所以，如果你是收票方，而且是一般纳税人，那请你把原发票带到出票单位，请他们给你更换专用发票。如果你是出票方，也请你配合对方，确实有必要的话，给换一下，毕竟没有多缴税款，至于处理方法，当月的可以直接作废，跨月的开红字发票冲红。

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