为什么我国资本主义萌芽在封建社会后期发展缓慢下来

没有慢下来只是被打断了罢了，
第一次是和西方基本同时的明末，因为清军入关，在东南进行大规模屠杀和劫掠（至少杀死600万人），破坏了资本主义的发展。明末中国的不论是手工业还是贸易都开始向近现代发展。商人也通过资助学生和官员的方式（所以东林党和浙党在明末垄断了政坛）获得了政治发言权（为了维持他们在南海的利益，他们甚至能够说服明政府对西班牙宣战）。手工业也已经有了现代大工厂的雏形。
第二次是清末，失败的主要原因我觉得是缺乏经济能力的晋商通过不正当手段（出卖明政府，向女真走私铁和粮食）占据了资本主义发展所必须的暴力行业。导致更接近现代资本家的江浙商人无法完成质变。

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