李文和的其后遭遇

1999年3月，美国能源部长理查森下令解雇李文和，称其触犯安全条例。
1999年3月下旬，美国《纽约时报》率先报道李文和案。
1999年4月，中国外交部发言人驳斥“核间谍案”，称其纯属无稽之谈。
1999年5月31日，中国国务院新闻办公室主任赵启正发表谈话，驳《考克斯报告》。
1999年7月16日，赵启正再驳《考克斯报告》，批驳及澄清该报告在核武器制造等方面对中国的歪曲和攻击。
1999年8月，美国洛斯阿拉莫斯国家实验室前反谍报活动部主管费鲁曼接受采访时承认，调查人员缺乏李文和泄露核机密的证据。
1999年9月10日，洛斯阿拉莫斯国家实验室发表声明，对该实验室三名负责人进行纪律处分（包括冻结薪金、发申斥信等），因为他们错误地指责李文和从事间谍活动，并对此进行无谓的调查。三位受处分者分别为实验室前反谍报活动部主管费鲁曼、组长克雷格和实验室前负责人赫克。
1999年10月，美国联邦调查局扩大所谓“间谍案”调查范围，并审查从1984年至1995年协助设计、制造和维修W-88核弹头的数百名核科学家、物理学家、工程师、海军人员等，调查他们是否泄密。
1999年10月，美国《洛杉矶时报》发表题为《政府欠李文和一个道歉》的专栏文章，强烈批评美政府不顾事实根据，对李文和进行政治迫害。
1999年11月，李文和再次申辩自己清白。
1999年11月初，美政府决定不寻求以间谍罪起诉李文和，因没证据表明他有意传递核机密，但传媒称阿尔伯克基的联邦检察官约翰-J-克里可能以处理机密情报粗疏大意为名起诉他。