甲方与乙方已经签订了合同，本来应由乙方收款并开具发票给甲方，但是否能由丙方收款并开具发票给甲方。

如果签了三方协议是可以的。一般情况下，如果是甲方和乙方签订的合同，那么是必须由乙方收款并且开具发票给甲方的，不能由丙方收款然后开具发票给甲方，除非是特殊情况，乙方由于不可抗力不能实施这些行为，然后签了三方协议才可以。
法律分析
根据相关规定，这种做法是可以的，只要甲乙双方同意相关委托协议，而且乙与丙具有法律意义上面的委托关系，这样的话本应由乙方开具的，现在由丙开具是可以的。 不可以由丙方开具发票给甲方，但是可向甲方付款，让乙方出具收款委托书，委托向第三方付款即“向甲方付款”，但是开票主体必须和合同签约主体一致，否则内审是有问题的。如果乙方无法开票，可以到税务局代开。委托收款需要有委托书，没有委托书，代收款没有法律效力。债权债务的履行，应向债权人履行，如果债权人委托他人代收款的，应提供公证机关公证的授权委托书，授权范围内需有，代收XXX债务人支付的款项数额。确保代收款项的法律效力。作为委托代理人签订合同后，公司之间打官司和委托代理人有无关系，要看当时与被代理人签订的授权委托书上如何说明的。如果在授权事务之内并且授权期限未满，那么委托代理人与公司之间打官司是有直接关系的。如果公司之间打官司在授权委托书上并未注明需委托代理人负责，那么委托代理人与公司之间打官司就没有关系。　
法律依据
《中华人民共和国民法典》
第一百六十五条 委托代理授权采用书面形式的，授权委托书应当载明代理人的姓名或者名称、代理事项、权限和期限，并由被代理人签名或者盖章。
第一百六十七条 代理人知道或者应当知道代理事项违法仍然实施代理行为，或者被代理人知道或者应当知道代理人的代理行为违法未作反对表示的，被代理人和代理人应当承担连带责任。
《中华人民共和国公证法》 第十一条 根据自然人、法人或者其他组织的申请，公证机构办理下列公证事项：（一）合同；（二）继承；（三）委托、声明、赠与、遗嘱；（四）财产分割；（五）招标投标、拍卖；（六）婚姻状况、亲属关系、收养关系；（七）出生、生存、死亡、身份、经历、学历、学位、职务、职称、有无违法犯罪记录；（八）公司章程；（九）保全证据；（十）文书上的签名、印鉴、日期，文书的副本、影印本与原本相符；（十一）自然人、法人或者其他组织自愿申请办理的其他公证事项。法律、行政法规规定应当公证的事项，有关自然人、法人或者其他组织应当向公证机构申请办理公证。

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