清朝的军机大臣是不是位居六部官员之上？

基本可以这么说吧。
打个不是很恰当的比方，六部相当处国务院各部委，军机处相当于国务院办公厅，军机大臣相当于秘书长。军机大臣直接对皇帝负责。
另外，军机大臣可以由六部的尚书、侍郎担任，但尚书、侍郎不一定是军机大臣。

军机大臣始称“办理军机大臣”，后来又改为“军机处大臣上行走”、“军机大臣上学习行走”，简称“军机大臣”，俗称“大军机”，雅称“枢臣”，是军机处的官职之一。一般而言军机大臣是由皇帝从内阁大学士、尚书、侍郎等官员中特旨挑选，或由军机章京升任，也可由满洲皇室亲王选任，其名额没有定数，人数的多少由皇帝一人决定。
军机处职能原为承命拟旨，参与军务，随着时间的推移和条件的改变，军机处已不再是单纯的军事机构，逐渐演变为清代全国政令的策源地和统治中心，其地位远高于国家行政中枢的内阁。
清末汉人只有左宗棠、张之洞、袁世凯等短时间地任过军机大臣。
军机大臣少则三、四人，多则六、七人，被称为“枢臣”，这 军机大臣
其中资历最深者为“首席军机大臣”，或称“领班军机大臣”，但没有正式的名义；入值军机时按资历深浅的分别称“军机处行走”、“军机大臣上行走”、“军机大臣上学习行走”三种；“军机处行走”名目从嘉庆朝后期起即极少使用，仅恭亲王奕䜣以议政王入值军机时使用过一次。
从《清史稿·军机大臣年表》看，军机大臣最初设了三人，即怡亲王允祥、大学士张廷玉、蒋廷锡，后来逐渐增加，最多时达十一人。他们之间没有隶属关系，各自办理皇帝交办的机要事务，分别对皇帝一人负责。军机大臣能文能武，出将入相，既能熟悉部院事务，了解地方情况，又能指挥作战，具有军事经验。如鄂尔泰出身进士，先后任佐领、广西巡抚、云贵广西三省总督，雍正十年（1732年）任保和殿大学士、兵部尚书，进为军机大臣。

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