我们是农村的有两套房子他们说一个户主只能办一个房产证那么剩下的那套怎么办

可以依法转让一套；也可以等孩子长大后，分户时，登记在自己孩子名下。

一、《土地管理法 》第六十二条 

农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。

农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。

农村村民住宅用地，经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。

农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。

二、国土资源部《关于加强农村宅基地管理的意见》

严禁城镇居民在农村购置宅基地，严禁为城镇居民在农村购买和违法建造的住宅发放土地使用证。

根据规定，宅基地买卖，只能是本集体经济组织成员之间才是合法的。同时《意见》规定：农村村民将原有住房出卖、出租或赠与他人后，再申请宅基地的，不得批准。