what is the matter with 与..what happened to

it在这里做形式主语，代指that后面的事情.第二个空where是做地点状语，由于lie后边缺少介词，故用where代还in
which.what不可以用在此，建议你多看一下语法书中关于从句的分析

what
happened
发生了什么，这个是问刚刚发生了什么
what
is
the
matter
什么事情。这个是说现在的事情是什么