二战的德国国防军和纳粹党卫队是否应该区别看待？

当然要区别对待
国防军是德国的正规军，属于国防力量，不过在纳粹时期其待遇不如党卫军。
党卫军纯粹是一支流氓，其只效忠希本人，
给你一个最直截了当的回答：党卫军不受日内瓦公约的保护，战斗中只要抓住了就可以就地枪毙，没有人会追究你的责任，而国防军则不同。

党卫军分为党卫军秘密行动队，武装党卫队。前者就是负责组织屠杀犹太人，波兰人，战俘的主角，和集中营的看守之类的肮脏角色。而武装党卫队也有相当多的部队是纯粹的作战部队，并未过分参予屠杀战俘，平民的事件，无论东线西线的盟国部队对这类部队都是充满敬意的（不排除有例如19th SS之类的垃圾角色）。
武装党卫队是纯粹的作战部队，编制什么的与国防军无太大差别，只是党卫军是直接听命于希特冷纳粹党的。
武装党卫军的前身是党卫队特别机动部队，是希特勒控制下的一支准军事快速预备队，其使命是和警察部队一起镇压国内的反抗，维持希特勒的独裁统治。大战爆发时，党卫队特别机动部队的人数并不多，共有4个团的兵力，它们是驻慕尼黑的党卫队第一团(德国团)，驻汉堡的党卫队第二团(日尔曼尼亚团)，驻维也纳的党卫队第三团(领袖团)，以及驻柏林的“元首警卫旗队”摩托化步兵团。大战爆发以后，它迅速扩大，并发展为一支野战部队，同时获得了那令人恐怖的称号——武装党卫军。

武装党卫军作为党卫队的野战部队，是独立于德国陆军以外的一支单独的武装力量。希特勒是武装党卫军的最高统帅，他通过党卫队全国领袖希姆莱对其进行指挥。没有希姆莱的授权，任何一支武装党卫军部队都不可以遣散或进行战略调动。武装党卫军的编制近似于德国陆军的编制，但是有其独特的军衔和组织名称。
在战场上，武装党卫军着陆军军服，佩戴自己的军衔标志和识别符号。它们使用标准的德国陆军武器，拥有自己独立的坦克部队、炮兵部队和后勤部队，训练自己的军官和军士。按照顺序，它在人员和武器方面总是优先于陆军，从步兵武器到坦克火炮，最新装备都优先调拨给武装党卫军部队。

武装党卫军在军事行动中受陆军的指挥，是陆军大兵团的组成部分，但它和陆军的官兵不能互换。在极个别的条件下，党卫军军官也可以指挥陆军兵团。大战临近结束时，有一些陆军的指挥参谋军官也被调到武装党卫军，以充实武装党卫军的指挥力量。在整个大战期间，武装党卫军总是缺少足够数量的称职军官和军士，再加上人员缺乏训练，所以一般来说，其部队的军事素养不如德国陆军部队，战术运用上也常常出现问题。在整个德国地面部队中，武装党卫军部队的伤亡率是比较高的。他们总是充当德国部队的尖刀和“消防队”，在作战中凭着一股狂热劲，盲目地一心只顾猛打猛冲，其士气是任何其他德国部队无法达到或超过的。德国第3装甲军军长冯·马肯森称“领袖警卫旗队”为“一支真正的精锐部队”。美国历史学家斯坦更认为，“党卫军部队”两度“阻止了一种新的斯大林格勒局面的出现”。

由于武装党卫军较高的战斗力和坚定的纳粹信念，在大战期间其编制不断扩大，每年都有新的武装党卫军师组建起来并投入战场。1939年首批组建了“阿道夫·希特勒警卫旗队”第1装甲师，“帝国”第2装甲师，“骷髅”第3装甲师，“警察”第4装甲师，1940—1941年间组建了“维京”第5装甲师，“北方”第6山地师……。截至大战结束时为止，武装党卫军的野战部队中共有38个师和一些独立旅，并且组建了武装党卫军的军和集团军。

二战德国的国防军和党卫队是属于不同的单位，性质是不同的。
国防军总体来说是比较好的，他们为德国尽忠，继承了德军的优良传统，战争罪行也比较少。党卫队是属于纳粹党内部的准军事组织，完全听命于希特勒和希姆莱，思想极端，行事激进，是迫害犹太人和种族歧视的主力，今天非常著名的纳粹集中营以前都是属于党卫军的。党卫队以前并不执行正规的战斗任务，而是类似于民兵，战争后期德军战线吃紧，希特勒于是整编党卫队为武装党卫军，成为和国防军一样的战斗部队。国防军应该和党卫队区别对待。

没什么和区别看待的。
党卫队在大体上还是属于国防军编制的。
都是纳粹爪牙，只不过党卫军在纳粹没有执政之前还做过一些特务行动罢了。