这些多音字的读音怎么来的？？

其实是语音演变受不同因素的制约导致的演变快慢不同导致的。类似的情况比如有个地名叫六安，不是念liu，而是念lu，因为古代的“六”是个入声字，大概念lok，普通话数字的“六”演变成liu，但是地名总得跟着当地人的读音念吧，所以这个六安的“六”念成了近似的lu。
回到提问的几个字。
龟，上古音是见母之部字，按中古的“等”的概念来说，是三等韵，按正常的演变，到中古大概应该念giu。之部的牙喉音三等韵转到中古的幽韵去了，比如“有丘裘牛”等，现在读iu、ou的这几个字，本来都是上古之部的。“龟兹”还有别的写法，比如丘兹。从“丘兹”就可以知道，“龟兹”之“龟”，在当时念的应该也跟“丘”差不多。见母是不送气音，“丘”的声母是溪母，是送气的，所以可能“龟”原来也有一个送气的读音，读音跟“丘”一样。从中古韵书保留下来的读音来看， 一字有送气和不送气的两个音，是很正常的。从两汉韵文押韵来看，“龟”也是在汉代即上古音晚期的幽部，与“丘裘”等字韵部一致。龟兹对译的梵文Kucina，“龟”对译ku，主元音u，也很能说明问题。
另外说说声母，普通话的j、p、x，有一部分是从古代的见溪群发展而来的。比如“其”也是，现在也念j了。所以龟兹的q，也是从中古乃至上古的g发展而来，没什么问题。
现代念gui的音，是从中古的脂韵演变来的。上古音的之部，一般来说都留着中古的之韵系里面，之韵系的字呢，跟脂、支都比较近，所以到了段玉裁，才知道上古音的之、脂、支是三个不同韵部。所以呢，上古音之部的“龟”到中古转到脂韵去了，倒也不是什么奇怪的事情。不过就像前面说的，按正常的演变，“龟”应该是到幽韵才对。所以gui这个读音，被认为是不规则的演变。说是不规则嘛，那就不好说为什么这么念了。最简单最不需要考证就能给的解释就是方言影响啦，从方言的读音上升到通语的地位了。是不是真的这样呢？不好说。
总之，龟兹由于是古国名古地名，读音不会发生太大变化，一致保留下来了，而乌龟之“龟”，也算是个常用字了，变得比较厉害，而且至少在中古就已经变得比较厉害了，相对而言，中古到现代这一部分，倒不是演变得太剧烈。

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