供应商开具的增值税普通发票,二年后税务局查出未上税,我怎么办？

根据题主描述，此种情况一般都根据发票金额，如果企业亏损，则调加应纳税所得额。如果企业盈利，则补缴企业所得税。

然后企业再与开票方联络更换发票。如果开票方已失联，基本就是收票方承担损失了。