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明朝的内阁在一定时期是有决策权的，是可以决定国家政务的，明朝的内阁首辅在某种程度上是行使相权的，比如著名的张居正，通过和司礼监太监的勾结，实际上是行政权集中于一身的地位。像万历那样几十年不上朝，国家政务都靠内阁去打理。 而清朝的军机处则纯粹是一个秘书机构，军机大臣只是提出建议、执行皇帝的决策，决策权都在皇帝。 制度是一方面，清朝皇帝勤政、明朝皇帝懒惰也是一方面的因素，如果明朝皇帝都像朱元璋那么勤政，内阁的权利就小多了。 明代的内阁大学士以六部尚书和曾任经筵讲官的来兼任，他们的地位就尊严了。明朝大学士的官衔，始终是某部尚书兼某殿（阁）大学士。明代内阁大学士的品级虽然只有五品，但内阁还算是国家的正式官署，成员是有品级的国家官员，其任免是有规章制度的。 而军机处在编制上只是一个临时机构，类似今天的某某领导小组、某某办公室，而非一个正式机构，其成员无品级，组成完全由皇帝任意安排。内阁大学士，还可以勉强称为国家大臣，而军机大臣则只算是皇帝的私人秘书。 拿张居正来举例，大臣给皇帝上奏章，还要给内阁报一份，一式两份，到了清代则不然，只有给皇帝的一份，军机处只是皇帝的秘书机构，经手就完了。 清代政府发布最高命令称上谕，上谕分为两种：一种是明发上谕，一种是寄信上谕。明发上谕都是比较不关紧要的事，譬如皇帝出外巡幸，上陵，经筵，救荒，以及中央政府尚书，侍郎，地方政府总兵知府以上的升降，以及晓谕中外诸事，都由内阁拟好，皇帝看过，再由内阁交到六部，这是中国向来的惯例。寄信上谕是清代特有的，不按上述程序，而直接由皇帝军机处寄给受命令的人。譬如给江苏巡抚的上谕，直接寄给巡抚，旁人谁也不知道。或者要交给吏部尚书的，也是直接寄信给吏部尚书，此外无人得知的。 后来凡是紧要的事，差不多都用寄信上谕发出了。这种上谕，由军机处拟给皇帝看，皇帝看过以后，封来盖起一个印，这个印叫“办理军机处”。军机大臣，名义上是大臣，照制度法理讲，并不是大臣，因为他是皇帝御用的，而不是政府的正式最高行政首长。 全国中外各长官，都直接向皇帝发生关系，其他旁人全都不知道。这不是全国政治，一切都变成秘密不再公开。 明代还是在制度之下由皇帝来当宰相。宰相废了，而宰相的职权则由皇帝兼。只是宰相做错了，须负责。皇帝做错了，可以不负责。除这一区别以外，明代制度还是和过去大体相似的。清代就更超越了这一限度。唐宋诸代的诏敕，宰相一定要盖章，没有宰相的章，就不成为诏书。清代行政反而成了私下的秘密，自然比尚有制度可循的内阁制又大大进了一步。 因此，军机处的设置可以说是中国几千年来的君主专制制度达到顶峰的重要标志。
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