孩子正上学中途去日本上学需要和中国的学校提前沟通吗?

大学有退学申请的。学校定期给入管局提交留学生的成绩单(算是语音学校的出勤率）的，所以你不上学，学校一定会跟入管局说的。
对签证有没有影响不好说。其实手续也不麻烦。你可以咨询一下你大学的留学生管理部门啊。