佛教的神实在太多了，有释迦牟尼，有如来佛，有观音，有玉皇大帝……谁能说个一清二楚么？

首先要说的是如来与佛是一种境界的两种称呼。就象妻子以前叫内助，现在叫老婆一样。如来在金刚经中的全称是：无所从来，亦无所去，是名如来。可以把它看作是修行中的最高境界。佛是彻底觉悟的意界，修行达到“无所从来，亦无所去，是名如来。”的这种境界，就是彻底觉悟。就是成佛了。
如来就是佛，所以如来佛这个称呼是不正确的。
佛教里没有阶级统治的关系，它是按照觉悟的深浅程度来划分称呼的。
佛是彻底觉悟，无有疑惑。
菩萨里又按觉悟程度分为十地菩萨，初地菩萨刚开悟，上去是二地菩萨，三地菩萨，直到十地菩萨接近成佛。菩萨觉悟程度很高，但仍有疑惑。还没有达到彻底觉悟。
声闻，缘觉，罗汉比菩萨又差一些。
玉皇大帝在佛教里叫释提桓因，可能就属于声闻缘觉这个层次的。这个我不是很清楚。不妄回评论了。
再就是人，前一念是善，后一念是恶。善恶循环，就成了轮回。如此循环不止，轮回也就不止。
再差的就是修罗（凶神），它们的嗔心非常重，动不动就发火。智慧比人还差。但有小神通。
再差的就是畜生，鬼（地狱中的众生）。其实他们是很可怜的。
不管是哪种众生，佛教都认为一切众生都具有佛性（觉性），即使现在是鬼，身陷地狱受苦，也只不过是一时糊涂，造业受报，只要能彻底改掉那些坏毛病，丝毫不影响它们将来成佛。
佛教是佛（彻底觉悟者）教化众生，令众生离苦得乐的方法。不应该把它看作一门学问来作研究。它是讲实践的。
所有的宗教里，只有佛教说众生都可成佛，与佛无异。其它的宗教，都没说信徒最终可以达到最高位置。
以上愚见，谨供参考。

佛教没有神
佛教只有 佛 菩萨 罗汉
打个比方 佛教也是党政工分的很细
释迦摩尼是娑婆世界的教主 阿弥陀佛是极乐世界的教主 药师王琉璃佛是琉璃世界的教主 好比三个教主分别管理不同的世界 娑婆世界就是中间的世界 极乐世界就是西方的世界 琉璃就是东方的世界。

第二个问题 和玉帝关系各管各的

你看一下《神佛总谱之佛菩萨名录》：

如来跟玉皇大帝不是一个系统的。一个是佛教，一个是道教。当初佛教刚入中土的时候，因为其神祗系统本身的缺陷，他们的教义无法自圆其说，所以无法蛊惑人心，自然也没什么香火，不得不把道教的一些东西加进去，跟在道教后边混饭吃。比如佛教的因果说，前生信佛，来生享福，前生作恶，来生报应。可是那些菩萨大佛，没有一个是操心凡人善恶的。你连这个人是好人坏人都不知道，你怎么给他报？没办法，道教不是有地府吗？借来一用！结果，不但道教的地府成了它的，还要再派上一个卧底----地狱不空，誓不成佛的地藏菩萨，装得地府本来就是他们家的一样。后来由于一些皇帝的尊佛灭道，加上道教的教义不像佛教那么能忽悠，所以佛教才能大行其道。

首先说玉皇大帝，玉皇大帝是道教里面的。
至于佛教佛主菩萨众多，释迦牟尼是本师，也称世尊、佛陀。是佛教的创始人。
观音菩萨、普贤菩萨、文殊菩萨、地藏王菩萨是四大菩萨。
还有很多菩萨，佛教一般都称之为诸佛菩萨