我没有房产证,但在不动产登记中心能查到我有一套房,再购买商品房时算二套房吗？

我个人觉得，你如果购买商品房，那这一套房是第二套房了。
因为，在不动产登记中心可以查询你的名下有了第一套房。虽然你没有房产证（不动产权证），但这不影响你对该套房产拥有所有权。也就是说，该房产你有转让的权利，至于不动产权证所与没有关系不大，持有该房产证的人是无权处置房产。你完全可以在不动产权证登记中心挂失房产证，重新打印不动产权记归自己保答的。因此，你再购房属于第二套房了。

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