如题所述
这两个当然不是一个东西。
寺，以前是国家的办公机构，后来汉明帝突发奇想把佛教的地位给上升了，成为国家控制的一种思想工具，新建的办公场所就是白马寺，而“寺”表明这是政府机构，后来佛教广为传播，带着国家机构的名号不是很好吗，于是继续冠以XX寺，不过后来佛教的活动场所又演化出“院”、“宫”、“阁”、“堂”、“庵”等各种名号来，也算是本土化世俗化了。
庙，最早就是先秦时期的宗庙、太庙，最开始是商王、周天子祭祀自己祖先和神祇的场所；后来周封天下的时候各诸侯国也有宗庙来祭祀先祖，但是规制上有严格控制，天子七庙，诸侯五庙，大夫三庙，士一庙，庶人平民不能有庙；秦汉时期以及以后一些神祇上升到国家祭祀典仪，也是建庙进行祭祀的，如五岳五镇四渎庙。
后来随着时代的发展，很多人＆先贤上升到神一般的存在的时候，进入国家祭祀典仪的时候由祠也变成了庙来祭祀，如关帝庙、岳王庙等；总之庙是用来祭祀自然神和死人的。（这个请移步看我一个有关祠堂和家庙的回答）
在唐朝出现了一种在家族墓地旁边建设佛寺的风俗，当了宋代的时候甚是流行，这种在自己家族墓地旁边建设佛寺是用来祭祀自己祖先的，起到一种家庙的作用，这个时候寺庙的功能就结合了起来，两个风马牛不相及的东西就扯到了一起。
那有没有叫做“庙”的佛教寺院吗？还真有，上海的下海庙。
这里有个例外，就是关羽。怹是 释、道、儒三教共拜之神。
伽蓝菩萨就是关羽，是佛教护法神。
道教奉关公为玉皇大帝的近侍，尊他为翊汉天尊、协天大帝、武财神、武安尊王、三界伏魔大帝等等。
儒家“本不语怪力乱神”，但在关羽崇拜上，儒家终于也介入了。儒家奉关羽为五文昌帝君之一，把关羽和文昌、孚佑、朱衣、魁星合称为五文昌，尊他为文衡帝君，或称山西夫子、关夫子，或尊他为亚圣或亚贤，所谓“山东一人作春秋，山西一人读春秋”。把关公奉为可与孔夫子并肩的圣人。
正所谓：青荷白藕红莲花，僧道儒原本是一家。
