如题所述
必学:1、计算机基础(linux+perl+R 或者 python+matlab)
2、生信基础知识(测序+数据库+数据格式)
3、生信研究领域(全基因组,全转录组,全外显子组,捕获目标区域测序)
4、生信应用领域(肿瘤筛查,产前诊断,流行病学,个性化医疗)
分而治之:
一、计算机基础,需要看三本书,一步步的学会学通,不需要刻意去找哪个书,一般linux是鸟哥私房菜,perl是小骆驼咯,R是R in action,但是看一本书只能入门,真正想成为菜鸟,必须每个要看五本书以上!我云盘里面有这基本上的高清打印版,大家可以去淘宝打印一下才几十块钱还包邮,对书比较讲究的也可以买正版,也不过是一百多块钱而已!
二、生信基础知识,测序方面,在百度文库找十几篇一代二代三代测序仪资料仔细研读,然后去优酷下载各大主流测序仪的动画讲解,再看看陈巍学基因的讲解;数据库先看看三大主流数据库——NCBI,ENSEMBL,UCSC,还有一些也可以了解一些(uniprot,IMGT,KEGG,OMIN,TIGR,GO)同样也是百度文库自己搜索资料,但是这次需要自己去官网一个个页面点击看,一个个翻译成中文理解吃透;数据格式讲起了就多了,这个主要是在项目流程中慢慢学,或者你有机会去上课,不然你看来也是立马忘记的,主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等等
三、生信研究领域,各个领域主要是软件繁多,合起来常用的估计有上百个软件了,一般只有从业五六年以上的人才有可能把它们全部用过一遍,而且这也完全需要项目来训练,而不能仅仅是看看软件手册,但是研究领域最重要的是背后的原理,需要看各大牛的综述。
a) 生信基础软件(blast++套件,fastqc,flash,blast,solexaQA,NGS-QC-toolkit,SRA-toolkit,fastx-toolkit)
b) snp-calling相关软件(bwa,bowtie,samtools,GATK,VarScan.jar,annovar)
c) 基因组相关软件(velvet,SOAPdenovo2,repeatmasker,repeatscount,piler,orthMCL,inparanoid,clustw,muscle,MAFFT,quickparanoid,blast2go,RAxML,phyML)
d) 转录组相关软件(trinity,tophat,cufflinks,RseQC,RNAseq,GOseq,MISO,RSEM,khmer,screed,trimmomatic,transDecoder,vast-tools,picard-tools,htseq,cuffdiff,edgeR,DEseq,funnet,davidgo,wego,kobas,KEGG,Amigo,go)
2、生信基础知识(测序+数据库+数据格式)
3、生信研究领域(全基因组,全转录组,全外显子组,捕获目标区域测序)
4、生信应用领域(肿瘤筛查,产前诊断,流行病学,个性化医疗)
分而治之:
一、计算机基础,需要看三本书,一步步的学会学通,不需要刻意去找哪个书,一般linux是鸟哥私房菜,perl是小骆驼咯,R是R in action,但是看一本书只能入门,真正想成为菜鸟,必须每个要看五本书以上!我云盘里面有这基本上的高清打印版,大家可以去淘宝打印一下才几十块钱还包邮,对书比较讲究的也可以买正版,也不过是一百多块钱而已!
二、生信基础知识,测序方面,在百度文库找十几篇一代二代三代测序仪资料仔细研读,然后去优酷下载各大主流测序仪的动画讲解,再看看陈巍学基因的讲解;数据库先看看三大主流数据库——NCBI,ENSEMBL,UCSC,还有一些也可以了解一些(uniprot,IMGT,KEGG,OMIN,TIGR,GO)同样也是百度文库自己搜索资料,但是这次需要自己去官网一个个页面点击看,一个个翻译成中文理解吃透;数据格式讲起了就多了,这个主要是在项目流程中慢慢学,或者你有机会去上课,不然你看来也是立马忘记的,主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等等
三、生信研究领域,各个领域主要是软件繁多,合起来常用的估计有上百个软件了,一般只有从业五六年以上的人才有可能把它们全部用过一遍,而且这也完全需要项目来训练,而不能仅仅是看看软件手册,但是研究领域最重要的是背后的原理,需要看各大牛的综述。
a) 生信基础软件(blast++套件,fastqc,flash,blast,solexaQA,NGS-QC-toolkit,SRA-toolkit,fastx-toolkit)
b) snp-calling相关软件(bwa,bowtie,samtools,GATK,VarScan.jar,annovar)
c) 基因组相关软件(velvet,SOAPdenovo2,repeatmasker,repeatscount,piler,orthMCL,inparanoid,clustw,muscle,MAFFT,quickparanoid,blast2go,RAxML,phyML)
d) 转录组相关软件(trinity,tophat,cufflinks,RseQC,RNAseq,GOseq,MISO,RSEM,khmer,screed,trimmomatic,transDecoder,vast-tools,picard-tools,htseq,cuffdiff,edgeR,DEseq,funnet,davidgo,wego,kobas,KEGG,Amigo,go)
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