2013高考南京的什么大学有与日本的合作办学项目？

教育部认可的合作办学项目中，江苏没有一所大学和日本的大学有合作办学。

其他国家的具体名单http://www.crs.jsj.edu.cn/index.php/default/approval/getbyarea/5#

我想知道教育部网上可以查到的中外办学项目就是正轨的项目吗？

必须是的。

除此之外的，都是不正规的。

获得的学历中外都承认吗？可以在外或国内继续攻读研究生吗？

当然。