清朝有漕运，东河，南河三总督？

有。
清顺治年间设总河一人负责黄河、运河及永定河提防、疏浚等事，治所在山东济宁，首任河督杨方兴。

康熙十六年（1677年），总河衙门由山东济宁迁至江苏清江浦（今江苏淮安市）。河道总督驻扎清江浦，一旦河南武陟、中牟一带堤工有险，往往鞭长莫及。
雍正二年（1724年）四月，设副总河，驻河南武陟，负责河南河务，以兵部左侍郎嵇曾筠为首任副总河。两年后，黄河险段由河南逐渐下移至山东，朝廷又将山东与河南接壤的曹县、定陶、单县、城武等处河务交由副总河管理。
雍正七年（1729）改总河为总督江南河道提督军务（简称江南河道总督或南河总督，管辖江苏、安徽等地黄河、淮河、运河防治工作），副总河为总督河南、山东河道提督军务（简称河东河道总督或河东总督，管辖河南、山东等地黄河、运河防治工作），分别管理南北两河。遇有两河共涉之事，两位河督协商上奏。遇有险工，则一面抢修，一面相互知会。总河则演变成南河总督，仍驻清江浦；副总河演变为河东总督，驻扎开封。
雍正八年（1730），设直隶河道总督（管辖海河水系各河及运河防治工作）。为别于南河与东河（官方文书一般称之为“河东”），后人称之为北河。三河之名源于此。
至乾隆十四年（1749），直隶河务渐趋正轨，裁直隶总河，令直隶总督兼管河务。此后，河务只有两总督：南河总督与河东总督。

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