同源比对后设计,是氨基酸比对好些,还是CDS比对好

如题所述

同源比对后设计,是氨基酸比对好些,还是CDS比对
最好还是使用CDS序列来做比对,然后根据保守区设计简并引物,CDS两端的非翻译区在物种间变化太大,不适合设计引物。
把获得各个物种的CDS做成fasta格式的,序列最好处理成纯序列格式的不含其它任何字符。然后用比对软件比对一下,如mega,DNAman或者是vector NTI里的比对工具都可以做比对。
在比对结果里找到非常保守的区域就可以设计简并引物了。
设计的简并引物可以根据经验公式自个算Tm值。不用计较打分的问题。因为你只能在保守区设计引物。
图是做的DNA序列比对,有保守区和不保守区。我觉得,引物的3'端最好位于最保守的区域。
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