医院信息系统的总体结构

（1）临床诊疗部分：医生工作站，护士工作站，临床检验系统，医学影像系统，输血及血库管理系统，手术麻醉管理系统；
（2）药品管理部分：数据准备及药品字典、药品库房管理功能、门急诊药房管理功能、住院药房管理功能、药品核算功能、药品价格管理、制剂管理子系统、合理用药咨询功能；
（3）经济管理部分：门急诊挂号系统，门急诊划价收费系统，住院病人入、出、转管理系统，病人住院收费系统，物资管理系统，设备管理子系统，财务管理与经济核算管理系统；
（4）综合管理与统计分析部分：病案管理系统、医疗统计系统、院长查询与分析系统、病人咨询服务系统；
（5）外部接口部分：医疗保险接口、社区卫生服务接口、远程医疗咨询系统接口；
医院信息系统包括医学影像信息系统PACS(Picture Archiving and Communication Systems)、临床信息系统（Clinical Information System, CIS）、放射学信息系统(Radiology Information System, RIS)、实验室信息系统（Laboratory Information System, LIS）。
其中与医疗活动直接相关的信息系统被称为医疗系统。包括医疗专家系统，辅助诊断系统，辅助教学系统，危重病人监护系统，药物咨询监测系统，以及一些特殊诊疗系统，如CT（计算机X射线层析摄影），B超，心电图自动分析，血细胞及生化自动分析等。这些系统相对独立，形成专用系统或由专用电子计算机控制，主要完成数据采集和初步分析工作，其结果可通过联机网络汇集成诊疗文件和医疗数据库，供医生查询和调用。