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怎么在NCBI上比对氨基酸序列
请教:
怎么
用
NCBI
查询新城疫病毒F基因的蛋白质序列、
氨基酸序列
和...
答:
核苷酸序列:这个基因网页上,有一项Genomic regions, transcripts, and products。单击那个NC_002617.1(这个是此gene所在的染色体区域),会有两个nucleotide选项,选择FASTA,就连接到
NCBI
sequence viewer,显示整个gene的序列。
氨基酸序列
:还是这个基因网页,底部有一个NP_071469.1, 点击进去连接到蛋白质...
如何
查询任一蛋白质的
氨基酸序列
。
答:
打开NCBI主页后,在左上角“all databases”下拉菜单中选择“protein”,然后在后面的输入框中输入蛋白的英文名称
。(蛋白英文名称你可以百度它的中文名,一般在百科里可以找到它的英文名,及亚基数量等。)输入完成后,点“search“,会出来一些搜索结果,是同一类蛋白不同物种来源的,选择你想要查询物种目...
怎样
用
NCBI
/blast 做蛋白质同源性分析 详细点
答:
将需要
比对
的蛋白质
序列
选中,在BLAST界面Enter Query Sequence下面的大框
中
输入,如果是和数据库所有的蛋白质序列进行比对,再下面的Choose Search Set中选择需要比对的数据库。Program Selection中的比对可根据个人需要进行选择。如果进行两两比对,或者多个序列的比对,在Enter Query Sequence框中选中Align tw...
怎么
用
NCBI
查询FeSOD基因的蛋白质序列、
氨基酸序列
和核苷酸序列呢?
答:
直接把这个基因进行查询,在不同的模块下就有不同的信息:比如在Gene数据库就会显示geneID,染色体位置信息等。在Nucleotido
中
就可查到对应的核苷酸
序列
。其实你任意点进去一个,在仔细找里面的链接也OK。
MEGA:安装与
序列比对
Align
答:
1.上传数据进行ALIGN 准备数据:核苷酸序列或
氨基酸序列
,获取途径:NCBI等 以
NCBI中
随机下载的10条核苷酸序列为例:ncbi.fasta 点击:File -> Open A File (选择ncbi.fasta) -> 点击Align 2.Alignment界面介绍:3.
序列比对
-DNA(ClustalW、MUSCLE)Align by ClustalW(DNA):Data-Save Session保存...
NCBI
基因及启动子
序列
查找
答:
当已知基因名或ID时,可通过
NCBI
搜索基因序列。首先登陆NCBI官网,在下拉菜单选择gene,搜索基因名或ID。NCBI: https://www.
ncbi
.nlm.nih.gov/ 这里选取一个调节根系发育的基因AT5G61350进行示例。在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式)是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或
氨基酸序列
的格式...
求助保守
序列
查找,引物设计
答:
1:把你的基因名称粘贴
在NCBI
的蛋白质数据库中,进行搜索(这个比核酸数据库更保守一些)2:根据搜索到的结果,看下面列出的信息,有没有和你研究物种是近缘的(从分类上说的)3:下载10-20条左右的
氨基酸序列
(片段长度最好差不多、下载最好分布多个近缘物种)4:保存成FASTA格式,用MEGA软件(或...
一直
氨基酸序列
,
如何
查看其蛋白质基本性质,及其结构
答:
一、根据自己所掌握的样品物种来源,并将该
序列
拿到
NCBI
上去blast一下,如果有相似的序列,则能大概猜测其本质。二、在心里有个底之后,再把这个序列拿到swiss-model上进行在线的免费同源建模(如果前一步的相似性太低的话,这一步就不要做了,一般认为,同源性至少要超过30%还是20%才有建模的意义)。
NCBI
Blastp 是什么意思?
答:
NCBI
Blastp:深入解析蛋白质
序列比对
的强大工具 NCBI Blastp,全称为Protein Basic Local Alignment Search Tool Protein,是你在生物信息学领域中不可或缺的伙伴。它是一种功能强大的工具,专门用于将你的目标
氨基酸序列
与庞大的蛋白质数据库进行精确的比较,让你能够深入了解序列间的相似性和可能的功能...
如何在ncbi中
查找基因cds
答:
进行CDS分析,首先要有一段
氨基酸序列
(基因序列要转换成氨基酸序列),
在NCBI
首页上第二排链接里点BLAST,进入BLAST页面,在BLAST页面最下方的Specialized BLAST里的第三个链接(Find conserved domains in your sequence (cds))就是CDS分析,输入你的氨基酸序列,就会显示相应的结果。
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